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·小腸球蟲感染是腸毒綜合癥的主要原因:

·小腸球蟲主要寄生于腸粘膜上皮細胞中，當大量繁殖時，必然導致腸粘膜增厚永腫，嚴重的脫落及出血等，使飼料不能被的在很稀是不對水分的吸收也明顯藏菜，所以復天能熊蓬家排的糞便很稀薄不成形，里面含有沒有消化的飼料。

·大量的營養物質在腸道內不能吸收而發酵，為有害細菌繁殖創大量腸上皮細胞破裂造了條件，從而造成腸道菌群失調，使在細菌作用下發生腐敗分解，產生大量的看毒物質被機體吸收后呈現出自體中毒現象，使雞表現為興奮不安，奔跑，顫頭，癱瘓等神經癥狀。

·小腸球蟲在腸粘膜上皮細胞內快速分裂生殖時，必然會腸道環境發生改變，菌群平衡失調，有益菌減少，有害菌大量繁殖

·由于此時腸道處于厭氧菌環境，魏氏梭菌，腸梭菌等厭氧菌大繁殖，造成消化不良，未消化飼料隨同脫落的腸粘膜一起排出體外，形成西紅柿或魚腸樣糞便